重新控制内蒙古，建立他的新汗国。
当噶尔丹再度进攻，东进二干余公里，抵达克鲁伦河时，中国三路迎击的大军早已进入攻击的位置。
次年（一六九六）玄烨大帝亲自北上一干公里，到克鲁伦河畔的车臣汗牙帐（蒙古温都尔汗）指挥作战。
噶尔丹望见了中国皇帝的黄龙大旗，才发现被科尔沁部出卖，中了中国的诱敌之计，他急令撤退，用最迅速的方法脱离中国东路和中路两个兵团，日夜奔驰二百五十公里，到了库伦（乌兰巴托）东南三十五公里的昭莫多，正在庆幸终于脱险之际，却不知道恰恰进入中国西路兵团司令官（抚远将军）费杨古的口袋阵地。
噶尔丹大败，他的妻子阿奴皇后跟她的丈夫一样的勇敢善战，她身穿钢盔铜甲，率领精兵突围，死于巨炮的轰击之下。
噶尔丹虽全军覆没，仍拒绝投降。
他退守科布多，但已不能再组织一支战斗部队。
明年，却本世纪（十七）最后第三年（一六九七）他服毒自杀。
喀尔喀三汗部仍回外蒙古故地，不过形势已经不同，外蒙古和噶尔丹辖下的科布多、乌梁海两地区，面积共一百八十万平方公里的土地，自此纳入中国版图。
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