离中国，他了解中国在这次远征中所以迅速成功，有赖于他政治号召的力量，他估计这力量足可以把中国驱逐出境。
于是，在占领伊犁（新疆伊宁）的明年（一七五六）阿睦尔撒纳宣布独立，那些刚接受清政府加封的四部可汗，也加入这个新兴汗国的行列。
中国远征军果然一败再败，准噶尔汗国的土地几乎全部光复。
这使皇帝弘历大失面子，认为准噶尔人是不能用仁义感化的野蛮民族，必须严厉惩罚。
第二年（一七五七）弘历重新组成远征军，北路蒙古兵团由蒙古人成衮札布当总司令（定边左副将军）；西路满洲兵团由满族人兆惠当总司令（定边右副将军）发动夹攻，恰恰这时候可怕的恶运抓了准噶尔，天花忽然流行，准噶尔战士相继死亡，军队自行瓦解。
当中国远征军进逼伊犁（新疆伊宁）时，阿睦尔撒纳束手无策，只好逃到哈萨克王国，再逃到俄国，他也染上了天花，一病而死。
在中国坚决的要求下，俄国把他的尸体运到外蒙古的撬图城（蒙古阿勒坦布拉格）交还中国。
准噶尔汗国虽然覆亡，阿睦尔撒纳虽然死掉，未死于天花的准噶尔人用游击战作誓死不屈的抵抗，使兆惠疲于奔命。
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