和其他战友一起，乘坐nebuchadnezzar号飞船返回地球上最后一个人类据点锡安基地。在那里，他们和其他自由战士们聚集到了一起。就在这时，母体系统决定“先下手为强”，派遣了为数众多的电子乌贼大军，开始进攻锡安基地，微弱的基地防守力量根本不足以对抗如此强大的机甲兵团，看来人类最后的香火也岌岌可危。可是，“母体取经”的道路注定是凶险多端的：在寻找母体系统内唯一知道系统弱点的“制钥者”的过程中，neo、墨菲斯和翠尼蒂遇到了前所未有的困难。
在《黑客帝国》系列最后一部中，延续上部《黑客帝国2：重装上阵》的故事，并揭晓机器与人类的最终命运。面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战。此时，“救世主”尼奥的身体和思想却意外分离，后者再度陷入到“母体”中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不回到“母体”和守护天使一起寻找他。
最后，在和机器的谈判中，机器答应为了人类和机器的共同利益，尼奥去消灭史密斯，而机器不再摧毁锡安。人类迎来新的和平。
《黑客帝国》有些“盒子理论”的意思，大多数人类都不知道自己是活在虚拟的矩阵世界中，也就如同“缸中之脑
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