但是大家都知道，朝廷里的官职不过是一个称呼罢了，朱由栋也明确表示，李定国依然是领军的将领，不过是在朝廷挂一个职位而已。朱由栋也不可能放着，李定国这么一个军事将领不用，然而只让他在朝廷里当以个什么尚书。
随后就是对李定国军队的整编，由于李定国的军队成员复杂，数量在两万左右。朱由栋决定让林可佳的平虏卫南下，由王之礼和贺道宁带领去整编李定国的军地，然后在昆明展开为期两个月的整训。
朱由栋安排军队整训，并没有立即任命军队整编后的将领。朱由栋要让军队训练完了，在任命将领，这样一来就可以乘着整训的机会，对士兵进行洗脑，也彻底对军队进想整编。
听说朱由栋要将军队放在昆明整训，李定国道：“平虏侯难道不准备进攻清军？让军队在昆明整训达到两月之久，恐怕清军在湖广的方向已经彻底的稳固了。”
朱由栋道：“这些都不怕，天下没有攻不破的防线。只要我们的军队够精锐，什么防线都不会牢固。何况我们在重庆还有几万军队，现在在湖广有多少军队？”
李定国道：“清廷在湖广的军队是不多，但是他们能从江西调军队来援。有了江西的军队，湖广军队不说一
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