一来对于治理各个地方割据实力，几乎是顺水推舟就彻底完成。室町幕府将军足利义诠被俘虏，倭国北朝天皇主动开城投降，这两件事彻底把倭寇的政权合法性给打落谷底。大明在倭国列岛上实行了全面的统治，无论是城市还是乡村，对于肯向大明合作的倭国人通通进行考核，然后授予官职。而对那些抗拒大明教化，试图用倭寇贵族身份，拒不服从大明管理的倭国人，朱瀚做出的指导建议也很简单。那就是一个字。杀！无论他在原本的倭寇朝廷当中是什么身份，只要犯了大明的忌讳，那必须就杀一儆百。根据朱瀚的命令，对于日本这些投降的大名领主，稍有反抗立刻就可以加以诛杀。在明军冷酷无情的铁腕之下，倭寇的大大小小势力全都不敢有一丝一毫的反抗。大明用了很短的时间，就在倭岛上建立起一整套秩序井然的统治秩序。大明在倭岛上组织了一支由倭国人组成的辅助军，对于各地进行直接管理。这一只军队自然就是皇明协同军，简称皇协军。皇协军指挥使，由北条义真担任。当然北条义真是他之前的名字，现在他的名字是徐义真。如同徐义真这个名字一样，大明对于日本的统治，还有一个重要的手段，就是汉化。朱瀚已经派人做出明确的规定，凡是倭国人想要在大明官府当中或者军队当中任职，都必须要摒弃
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