，不久后遭遇外艰，在家守制。
到嘉靖三十六年，被起用任南京国子监司业，两年后又请求辞官养病，直至嘉靖四十三年闰二月才被恢复原职。
五月，升任左春坊左谕德，掌理南京翰林院事，十月，陆树声被召回京师，仍在左春坊，兼翰林院侍读，管理诰敕，但他不赴任，依旧滞留南京。
一年后，也就是嘉靖四十四年十月，陆树声被启用为太常寺卿，兼管南京国子监祭酒事，他严格学规，撰写十二条教规，以激励诸生。
此时也是徐阶主政的时期，自然对他这个老乡多有关照，知道他不愿掺和朝堂之事，所以就又安排他南京的职位，这次陆树声倒是很乐意的赴任了。
嘉靖四十五年十一月，徐阶想要开始为他的退休生活做准备，又开始谋划，不仅是大肆提拔张居正，也把目光看向了他的这个老乡，朝廷升陆树声为吏部右侍郎，但他再次称病不上任。
也不知是真的不愿意离乡背井还是四九城的水养不活他，反正陆树声就是不愿来北京做官了。
隆庆元年初，朝廷再次起用陆树声为吏部右侍郎，他于三月上疏推辞，未获允准，隆庆皇帝还令其参与《明世宗实录》的编修，担任副总裁，但陆树声仍称病求退
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