近，年降水量增加到四百五十七公釐，在山（与北部平原交界的山）的低层，七月平均气温是二十五到二十八度，在一月不低于零下九度，然而在山的上部和西藏边界，七月平均温度低于十度，在冬季则常降至零下三十五度或更低。
昆仑山北坡属暖温带塔里木荒漠和柴达木荒漠，降水量小，随着海拔的增高，暖温带荒漠过渡为高山荒漠，降水量随之增加，雪线在海拔五千六百米至五千九百米，雪线以上为终年不化的冰川，冰川面积达到三千平方公里以上，是中国的大冰川区之一，冰川融水是中国几条主要大河的源头，包括长江、黄河、澜沧江（湄公河）、怒江（萨尔温江）和塔里木河。
昆仑山区有一百多种高等植物，但一般都是低矮的灌木类，野生动物都是高原特有的如藏羚羊、野牦牛、野驴等，新疆和田的昆仑山麓出产最高质量的美玉，从古代起就是中原地区玉石的主要来源，因此《千字文》提到“玉出昆岗”。
整座山遍布著沙漠或至多可以名之为草原的地方的状况制约植被的发展，许多地区有岩石沙漠构成，偶见的死水塘为诸如藏羚羊和藏岩羚羊以及大群野驴（骞驴）和成群的野犛牛等数种野生有蹄动物提供水草，在较为潮润的西部山脉，大角野羊在高处的草
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